近日，兽医学院廖明/张建民课题组在中科院一区Top期刊npj Biofilms and Microbiomes（影响因子11.4）在线发表题为“Longitudinal Mapping of Microbiome and Antibiotic Resistance Dynamics in the Yellow-Feathered Broiler Production Chain”的研究论文。该研究以黄羽肉鸡生产链为对象，系统解析了从养殖、屠宰加工到超市零售全过程中微生物组和抗生素耐药基因的动态变化规律，揭示了不同生产环节中微生物群落、耐药基因及潜在风险菌群的阶段性富集、重塑和扩散特征，为黄羽肉鸡全链条食品安全风险防控和抗生素耐药基因传播阻断提供了重要科学依据。
黄羽肉鸡是我国特色肉鸡品种和重要动物蛋白来源，其较长的饲养周期和复杂的生产流通环节可能增加微生物群落演替和耐药基因传播风险。课题组以同一批次57只黄羽肉鸡为研究对象，连续追踪养殖、屠宰加工和超市零售全过程样本，并结合生产环境样本开展分析。研究共纳入604份样本，综合运用16S rRNA测序、宏基因组测序、宏基因组组装分箱、机器学习、SourceTracker溯源分析和贝叶斯系统发育地理学模型，构建了黄羽肉鸡生产链微生物组和抗生素耐药基因动态变化图谱。
研究发现，黄羽肉鸡肠道微生物群在养殖过程中逐渐形成以乳酸杆菌等共生菌为主的稳定群落，但进入屠宰加工和零售阶段后，微生物群落和耐药基因组成发生显著重塑。其中，预冷环节是影响胴体表面微生物组成和耐药基因分布的关键节点。进一步分析发现，养殖阶段富集的粪肠球菌（Enterococcus faecalis）宏基因组组装基因组携带lsa(A)和vanR等耐药相关基因，并可能从养殖阶段粪便向去内脏胴体表面扩散；屠宰加工和零售阶段富集的新疆阿尔戈氏菌（Algoriella xinjiangensis）宏基因组组装基因组携带预测的blaB样β-内酰胺酶基因，并在分割肉、超市整鸡和超市分割肉样本中持续检出。机器学习和共现网络分析进一步表明，生产链不同阶段存在特异性的“菌群-耐药基因”关联模式，提示耐药风险受到养殖、屠宰加工、冷链流通和零售环境共同影响。
关键耐药相关菌群的动态变化与潜在扩散路径
黄羽肉鸡生产链微生物组与抗生素耐药基因动态解析图
本文从全生产链角度深化了对黄羽肉鸡微生物组和抗生素耐药基因动态变化规律的认识，明确了预冷、分割加工、冷链流通和零售展示环境在影响微生物群落重塑及耐药基因扩散风险中的重要作用，为优化黄羽肉鸡屠宰预冷工艺、加强冷链和零售环境卫生监测、建立基于微生物组的食品安全预警体系提供了理论支撑。
该研究获国家重点研发计划（2022YFD1800400）、双一流学科推进项目（2023B10564003）、广东省基础与应用基础研究基金项目（2021A1515010815）和国家肉鸡产业技术体系项目（CARS-41）等资助。兽医学院张建民教授、博士生李嘉怡为共同第一作者。廖明教授和动物科学学院赵江潮教授为论文通讯作者。
相关论文链接：https://doi.org/10.1038/s41522-026-01146-w
文图/兽医学院
